Михаил Никифорович Бардыгин родился в 1864 году в городе Егорьевске Рязанской губернии. Он был вторым ребёнком в семье известного егорьевского фабриканта, мецената и общественного деятеля Никифора Михайловича Бардыгина. Его старший брат Порфирий успешно учился в Академии коммерческих наук в Москве, но умер от холеры в возрасте 13 лет. Через день после получения известия о смерти сына скончалась мать Михаила, Евдокия Феофилактовна. Позднее отец Михаила женился во второй раз на Марии Владимировне Макарьевой.

В детстве Михаил часто болел и не отличался здоровьем. В отличие от отца, Михаил получил хорошее образование. В 1874-1878 годах он обучался в новой Егорьевской прогимназии, затем в Лицее цесаревича Николая в Москве, который он окончил с отличием. После завершения обучения Михаил Бардыгин вступил в управление семейным делом в 1883 году. В 1885 году Бардыгины открывают печатное отделение, а в 1889 году - красильную фабрику в Городце.

В 1901 году после смерти отца Михаил Никифорович становится единоличным владельцем большого разветвлённого бизнеса, включавшего механо-ткацкую и красильные фабрики, множество торговых заведений. В 1909 году Михаил Бардыгин учреждает промышленное и торговое товарищество "Никифора Михайловича Бардыгина наследник" с основным капиталом около 7 млн рублей. Михаил Никифорович становится директором распорядителем правления товарищества.

Михаил Бардыгин был известным меценатом и благотворителем, следуя примеру своего отца. Он избирается депутатом III Государственной Думы от Рязанской губернии и присоединяется к фракции "прогрессистов". В 1909 году Михаил Никифорович открывает в Егорьевске механико-электротехническое училище с пятилетним сроком обучения, рассчитанное на 400 учащихся. Училище было построено на средства Михаила Никифоровича, и он стал его пожизненным попечителем.

После Октябрьской революции Михаил Бардыгин эмигрировал во Францию, где написал книгу "Созвучия Нового Завета", которая была напечатана в Париже. Книга представляет собой словарь по Новому Завету, позволяющий читателю свободно отыскать интересующее его место. Михаил Никифорович Бардыгин умер в 1933 году и был похоронен в Ницце на русском кладбище Кокад.