Геннадий Николаевич Ботников родился в 1860 году. Он был сыном купца 3-й гильдии и потомственным почётным гражданином с 1898 года. Ботников получил среднее образование в Костромском реальном училище, которое он окончил в 1878 году. После окончания училища он стал во главе торгового дела своего отца, занимаясь хлебной торговлей, и продолжал это дело после смерти отца.

Ботников был записан купцом 1-й гильдии и владел несколькими лавками в Гостином дворе, а также был совладельцем паровой мельницы и крупорушки в деревне Рыжково Костромского уезда. Помимо коммерческой деятельности, он активно занимался общественной деятельностью. С 1890 года он избирался гласным Костромской городской думы, а с 1896 года — гласным Костромского уездного земского собрания и почетным мировым судьей Костромского уезда.

В 1898 году Ботников был избран костромским городским головой, эту должность он занимал до 1912 года. За время его руководства городом было сделано многое для благоустройства: проложены казенная телефонная сеть и подводная телефонная линия за Волгу, введена обязательная нумерация домов, построены скотобойня, пожарное депо и электростанция. По инициативе Ботникова были открыты различные учреждения, включая Дом трудолюбия, библиотеку имени А. С. Пушкина, Костромскую торговую школу и другие образовательные учреждения.

Ботников также был членом III Государственной думы от Костромской губернии, избранным в 1907 году. Он входил во фракцию октябристов и был членом нескольких комиссий, включая комиссии по народному образованию, о путях сообщения, по городским делам и бюджетной. За свою деятельность он был награждён орденами Св. Станислава 3-й степени и Св. Анны 3-й степени, а также золотой медалью «за усердие» на Станиславовой ленте. Геннадий Николаевич Ботников умер в 1922 году.