Михаил Дмитриевич Бутин родился 23 октября 1835 года в Нерчинске. Обучался в Нерчинском уездном училище, работал приказчиком на заводах купцов Кандинских, путешествовал по России, Европе и Америке. В 1866 году вместе с братом Николаем организовал фирму «Торговый дом братьев Бутиных», в состав которой входили железоделательный, солеваренный и 3 винокуренных завода, около 50 золотых приисков в Забайкальской, Амурской и Приморской областях. Братья организовали поиски новых месторождений, реконструировали прииски и внедряли прогрессивные методы поиска и добычи золота.

В середине 1860-х годов Бутин построил в Нерчинске особняк в мавритано-готическом стиле. Интерьер дома был украшен художественно оформленными каминами, разнообразными витражами и замысловатыми винтовыми лестницами. Пол был выполнен из наборного паркета красного дерева. В доме располагались приватный музей и огромная библиотека с сочинениями на 4 языках, картины, мраморные скульптуры, фарфор. Особое впечатление на гостей производил зеркальный зал, огромные зеркала для которого были доставлены с Парижской выставки 1878 года.

Бутин жертвовал на благотворительность, в том числе на открытие в Нерчинске аптеки, типографии, гимназии, музыкальной школы, духовного училища. На его средства велись строительные работы в Воскресенском соборе. В 1870 году Бутин организовал и экипировал экспедицию в Китай. Участвовал в разработке предложений по торговому договору между Россией и Китаем в 1881 году. В начале 1880-х годов, вследствие тяжелых погодных условий, затруднивших промывку золотоносных песков, фирма оказалась банкротом, а предприятия отошли к кредиторам.

Бутин был известен как писатель, исследователь, коллекционер. Он написал исследования об экономике края, в том числе «Сибирь, её дореформенные суды и условия ведения торговых и промышленных дел до сооружения Сибирской железной дороги», которая была издана в Петербурге в 1900 году. Последние годы жизни жил в основном в Иркутске. В последние годы жизни возвратился на родину в Нерчинск. Умер от воспаления почек. Был погребён на родине, в Нерчинске. Был награждён орденами Св. Анны 3-й ст., Св. Станислава 3-й и 2-й ст., двумя большими золотыми медалями Общества любителей естествознания, антропологии и этнографии и Европейского научного общества, а также большой серебряной медалью за участие в Парижской выставке 1878 года и серебряной медалью РГО. В Иркутске установлен бронзовый памятник Бутину, а в Нерчинске в дворце Бутина находится Нерчинский Краеведческий музей, где большая часть экспозиций рассказывает о жизни, быте и роде Бутина.