Филипп Иесеевич Махарадзе родился 9 марта 1868 года в селе Карискуре, Озургетский уезд, Кутаисская губерния, Российская империя. Его отец был священником и хотел, чтобы сын пошёл по его стопам. В 1884 году Филипп Махарадзе получил образование в Озургетском духовном училище, позже поступил в Тифлисскую духовную семинарию и также учился в Варшавском ветеринарном институте, но не окончил его.

В 1903 году Филипп Махарадзе вступил в РСДРП, после чего неоднократно был арестован. Он был одним из организаторов Кавказского союза РСДРП. В 1915 году его выслали в Бакинскую губернию, но он бежал в Кутаис, а в 1916 году — в Тифлис. В 1917 году работал редактором газеты «Кавказский рабочий» в Тифлисе. С февраля по июль 1921 года он был председателем Грузинского Ревкома и провозгласил «Грузинскую советскую республику», обратившись с просьбой о военной помощи к правительству РСФСР.

В последующие годы Филипп Махарадзе занимал различные должности, включая народного комиссара земледелия Грузии, председателя ЦИК Грузии, председателя Госплана ЗСФСР, председателя СНК Грузинской ССР и председателя ЦИК Грузинской ССР. Он также был членом Центральной контрольной комиссии ВКП(б) и председателем Президиума Верховного Совета Грузинской ССР. Филипп Махарадзе скончался 10 декабря 1941 года в Тбилиси.

Филипп Махарадзе был автором сочинений об истории Грузии и партии большевиков. Он был награждён орденом Ленина и орденом Трудового Красного Знамени ЗСФСР. Его имя носил город Озургети и улица в Тбилиси, а в Тбилиси была установлена мемориальная доска. В городе Шемокмеди был основан Дом-музей Ф. И. Махарадзе, который был ликвидирован в 1990-е годы.