Алексей Семёнович Губкин родился 14 (26) марта 1816 года. Его отцом был купец третьей гильдии Семён Иванович Губкин, который занимался перевозкой товаров из европейской части России в Сибирь и обратно. Алексей Губкин не получил систематического образования, но знал письмо, чтение и счёт. В 1840 году он создал свою фирму, торговавшую чаем, которая впоследствии стала самой крупной чаеторговой фирмой в Российской Империи.

Вначале Губкин торговал в забайкальской Кяхте, где обменивал китайский чай на продукцию кунгурских кожевников, но затем начал торговать непосредственно с чайными плантациями в Китае и даже приобрёл некоторые из них в собственность. Поставки чая из Китая проводились караванами через Монголию, Кяхту, Томск и Тюмень. В дальнейшем была организована морская доставка чая через Одессу. Губкиным была организована оптовая и розничная торговля чаем на Нижегородской и Ирбитской ярмарках, для чего он создал целую систему условий продаж, цен, сортамента, единиц товара и пр.

Алексей Губкин занимался и общественной деятельностью: он был бургомистром в магистрате Кунгура, гласным Кунгурской городской думы, мировым судьёй. Его деятельность была оценена ещё при его жизни: он был награждён двумя золотыми медалями, орденом Святого Владимира III степени, стал Почётным гражданином Кунгура и получил чин действительного статского советника. Губкин скончался в Москве 27 ноября (9 декабря) 1883 года от болезни печени и был похоронен под алтарём Иоанно-Предтеченской церкви в Кунгуре.

Алексей Губкин также занимался благотворительной деятельностью. Он создал «Елизаветинский Дом призрения бедных детей в Кунгуре» и Кунгурское техническое училище, первое заведение подобного рода на Урале. Губкин жертвовал средства другим учебным заведениям и храмам. В память о нём в Кунгуре была названа улица, установлен барельеф на здании технического училища и памятник около городского музея. Были выпущены книги о его благотворительной деятельности.