В роду будущего святого многие мужчины на протяжении трёх с половиной столетий были священнослужителями, и Иоанн воспитывался в духовной атмосфере, с детства знал молитвы и жития святых. Мальчик во всём радовал родителей, кроме одного – ему трудно давалась грамота. Когда отец, собрав последние средства, отвёз сына в Архангельское приходское училище, Иоанн остро почувствовал свою беспомощность – на тот момент он едва мог различать буквы. Мальчик начал часто и пламенно молиться, прося у Бога помощи. И вот после одной из таких горячих молитв, ночью, «точно завеса спала с глаз, как будто раскрылся ум в голове», «легко и радостно так стало на душе»: ему ясно представился учитель того дня, его урок, он вспомнил даже, о чём и что тот говорил. Чуть засветлело, Иоанн вскочил с постели, схватил книги – и стал гораздо лучше читать и запоминать прочитанное. Об этом писал Иван Логинов в книге «Отец Иоанн Ильич Сергиев Кронштадтский протоиерей Андреевского собора» (1891).