Нигматулла Хаджи Кармышаков-Сейдуков был бухарским купцом. В 1884—1888 годах он построил исламский комплекс мечети и медресе в Ембаевских Юртах Бухарской инородческой волости Тюменского уезда полностью на свои средства. Он открыл и за свой счёт финансировал «Магометанское духовное училище», оплачивая как проживание шакирдов, так и работу учителей.

Здание мечети было выстроено по проекту лютеранина прусского происхождения Готлиба Цинке. После Октябрьской Революции 1917 года «Магометанское духовное училище» было переименовано в Учительскую семинарии имени Нигматуллы Кармышакова-Сейдукова.

В 1989 году мечеть была возвращена верующим. В начале 1990-х годов в ней начало работать медресе имени Нигматуллы-хаджи Кармышакова при Духовном управлении мусульман Тюменской области.

В настоящее время исламский комплекс состоит из соборной мечети и зданий бывших медресе, библиотеки, гостиницы, столовой, кухни. Существовало также здание конюшни, которое не сохранилось.