Илья Алексеевич Ковылин родился в 1731 году в селе Писцово Костромского уезда. Первоначально он был крепостным крестьянином князя Алексея Борисовича Голицына. В Москве Ковылин занялся торговлей и подрядами, что позволило ему приобрести значительные средства и выйти в купцы. Около 1770 года он перешёл в старообрядчество федосеевского толка и сменил имя на Илья.

В 1771 году в Москве разыгралась чума, и Ковылин, вместе с купцом Зеньковым, решил устроить карантин на собственные средства. Они арендовали участок земли у крестьян села Черкизова и построили заставу, задерживая всех, выходивших из Москвы. Этот карантин стал основой для будущего московского Преображенского кладбища. Ковылин и Зеньков снабжали задержанных всем необходимым, ухаживали за больными и хоронили умерших. Их деятельность произвела сильное впечатление, и многие люди были привлечены в старообрядчество.

Ковылин стал настоятелем возникшей общины и пользовался огромным влиянием на окружающих. Он обстроил посёлок, приобрёл множество старых икон и ввёл устав, полученный с Ветки. Ковылин умел привлекать богатых жертвователей и ладить с властями, что обеспечило процветание общины во время царствования Екатерины II. Однако, во время царствования Павла I, община столкнулась с неблагосклонным отношением, но Ковылин смог задержать применение указов, направленных против неё.

С воцарением Александра I, Ковылин через кн. А. Б. Куракина испросил благоприятный для раскольников указ, что ещё больше повысило его известность и почёт среди старообрядцев. Он также успел испросить повеление, в силу которого Преображенское кладбище было признано гражданским учреждением, подчинённым только полиции. К концу жизни Ковылина, кладбище считало до 10 000 прихожан, и на нём жили до 1500 человек. Ковылин умер в 1809 году и был похоронен на Преображенском кладбище, которое он завещал вместе со всеми своими капиталами.

Ковылин был также духовным писателем и написал сочинение «Рассмотрение, кто от сотворенной твари паче всех согрешил, на небеси и на земли». Он собрал в обители богатейшую библиотеку и активно участвовал в полемике внутри старообрядчества, защищая вероучение федосеевцев. Современники характеризовали Ковылина как человека высокого роста, с красивым корпусом, белым и продолговатым лицом, весёлым и пронзительным взором, окладистой и долгой бородой, украшенной сединами.