Михаил Николаевич Кальницкий родился 6 ноября 1870 года в Тифлисе. Он происходил из потомственных дворян Полтавской губернии. В 1891 году Кальницкий окончил военно-училищный курс Московского пехотного юнкерского училища и был выпущен в 39-ю артиллерийскую бригаду. Позже он окончил Николаевскую академию Генерального штаба в 1899 году.

С 1900 года Кальницкий служил по Генеральному штабу в войсках 1-го Кавказского армейского корпуса и Кавказского военного округа. В 1904-1905 годах он участвовал в русско-японской войне в качестве штаб-офицера для поручений при управлении начальника военных сообщений 3-й Маньчжурской армии. В 1906 году Кальницкий был назначен полковником и начальником штаба 6-го округа пограничной стражи.

Во время Первой мировой войны Кальницкий командовал 14-м гренадерским Грузинским полком с августа 1914 по июнь 1915 года. Затем он занимал должности начальника штаба 7-го Сибирского стрелкового корпуса и 5-го Кавказского армейского корпуса. С ноября 1916 по январь 1918 года он командовал 123-й пехотной дивизией. За свою службу Кальницкий был награждён Георгиевским оружием и другими орденами.

После Гражданской войны Кальницкий эмигрировал в Сербию в марте 1920 года и поселился в Загребе. Он стал активным деятелем белоэмиграции и занимался помощью русским военным инвалидам. Кальницкий был помощником председателя Зарубежного союза русских военных инвалидов, а после смерти генерала Н. Н. Баратова в 1932 году он был избран председателем этого союза. Он оставался на этой должности до конца своей жизни. Кальницкий скончался 29 июня 1961 года в Париже и был похоронен на русском кладбище Сент-Женевьев-де-Буа.