Михаил Николаевич Вахрушев родился в 1865 году в семье потомственных дворян Тульской губернии. Он был сыном штабс-капитана Николая Николаевича Вахрушева и внуком поручика Николая Елисеевича Вахрушева, который отличился в Бородинском сражении. Михаил Николаевич окончил Орловский Бахтина кадетский корпус в 1882 году и 3-е военное Александровское училище в 1884 году, после чего был выпущен в звании подпоручика в 101-й пехотный Пермский полк.

Вахрушев проходил службу в различных военных подразделениях, занимая должности командира роты, начальника строевого отдела и штаб-офицера. В 1900 году он окончил Николаевскую академию Генерального штаба и был переведен в Генеральный штаб. В дальнейшем он служил в различных штабах и участвовал в русско-японской войне, где был награждён золотым оружием за сражение при Ляояне.

Во время Первой мировой войны Вахрушев командовал 101-м пехотным Пермским полком и участвовал в походе в Восточную Пруссию. Позже он занимал должности генерал-квартирмейстера и начальника штаба 5-й армии, а также был начальником штаба Северного фронта. В 1917 году он был произведен в генерал-лейтенанты. После Октябрьской революции Вахрушев присоединился к Белому движению и служил в Добровольческой армии, а затем в Вооруженных силах Юга России.

В эмиграции Вахрушев жил в Югославии, где служил в Державной комиссии и был членом Общества офицеров Генерального штаба. Он также был председателем сараевской русской колонии и организовал кассу взаимопомощи. Михаил Николаевич Вахрушев скончался в 1934 году и был похоронен на Новом кладбище Белграда. Он был женат и имел троих детей, среди которых был Андрей, штабс-ротмистр 5-го гусарского Александрийского полка и георгиевский кавалер.