Александр Дмитриевич Протопопов родился 18 декабря 1866 года в селе Маресево, Лукояновский уезд, Нижегородская губерния. Он происходил из потомственных дворян Симбирской губернии и был крупным землевладельцем, владея 5930 десятинами земли в той же губернии.

Протопопов получил образование в 1-м кадетском корпусе, который он окончил в 1883 году, и Николаевском кавалерийском училище, которое он окончил в 1885 году. После окончания училища он был выпущен корнетом в лейб-гвардии Конно-гренадерский полк. В 1888-1890 годах он был слушателем Николаевской академии Генерального штаба, после чего вышел в отставку в чине штабс-ротмистра в 1890 году.

В 1891 году Протопопов поселился в своем имении Симбирской губернии, где занимался сельским хозяйством и промышленностью. Он владел механическими и литейными заводами, двумя лесопильными заводами и Румянцевской суконной фабрикой, которая была одной из крупнейших в России. Протопопов также был председателем Союза суконных фабрикантов.

С 1892 года он состоял в ведомстве учреждений Императрицы Марии, а с 1905 года был карсунским уездным предводителем дворянства. Протопопов был членом Государственной думы III и IV созыва от Симбирской губернии и принадлежал к октябристам. В 1908 году он был пожалован званием камер-юнкера, а в 1909 году стал действительным статским советником.

В 1916 году Протопопов был назначен министром внутренних дел Российской империи, на котором он находился до 1917 года. Во время его пребывания на этом посту он предпринимал различные попытки реформ, включая введение земского самоуправления в некоторых губерниях и разрешение евреям жить в определенных городах без регистрации. Однако его деятельность на этом посту была омрачена обвинениями в предательстве либеральных идеалов и прозвищем "сумасшедший".

После Февральской революции Протопопов был арестован и находился в заключении в Петропавловской крепости, а затем в Таганской тюрьме. В 1918 году он был расстрелян в Москве.

Протопопов был женат на Ольге Павловне Носович и имел двух дочерей и сына. Он также был награжден различными орденами и медалями, включая орден Святого Станислава и орден Святой Анны. Кроме того, он был избран почетным гражданином Карсуна в 1910 году.

Протопопов оставил после себя несколько сочинений, включая "Экономическую заметку" и "К русскому крестьянству". Он также является персонажем романа Валентина Пикуля "Нечистая сила" и пьесы А. Н. Толстого "Заговор императрицы".