Василий Михайлович Пупышев родился в 1816 году в Елабуге Вятской губернии. В 1837 году он вместе с семьей переехал в город Троицк Оренбургской губернии и начал заниматься торговлей. Через четыре года он приобрёл собственный особняк и начал оптовую торговлю мануфактурным товаром, сначала как купец второй гильдии, а с 1863 года — как купец 1-й гильдии.

Василий Михайлович Пупышев принимал активное участие в жизни Троицка, неоднократно избирался гласным городской думы и занимал должность городского головы в 1860-1863, 1866-1869 и 1869-1872 годах. Он передал городской управе 50 тысяч рублей для ежегодной раздачи процентов с этого капитала бедным и нищим к праздникам Рождества и Пасхи. Пупышев уделял особое внимание благоустройству церквей Троицка, в частности, восстановлению Свято-Троицкого собора, пострадавшего от пожара в 1842 году, и был старостой этого собора с 1851 года до конца жизни.

Пупышев инициировал строительство Михаило-Архангельской церкви и внёс значительную сумму на строительство церкви во имя Преображения Господня при Казанском женском монастыре. Он также был инициатором открытия первого на Южном Урале среднего учебного заведения — мужской классической гимназии, торжественное открытие которой состоялось 23 сентября 1873 года. Кроме того, он завещал 80 тысяч рублей на создание в городе больницы с отделениями для призрения калек и душевнобольных, которая была торжественно открыта в июле 1867 года и получила наименование «Пупышевской» осенью 1894 года.

Василий Михайлович Пупышев умер 2 декабря 1888 года в Троицке и был похоронен на территории Михаило-Архангельской церкви. В 1878 году он был удостоен звания Почетного гражданина города Троицка, а в 1887 году — благословения Святейшего Синода за пожертвования троицким церквям. В память о нём Троицкой городской думой был заказан и установлен его портрет в зале заседаний.