Василий Михайлович Альтфатер родился 4 (16) декабря 1883 года в Варшаве в семье генерала от артиллерии, члена Государственного совета Михаила Егоровича Альтфатера. Василий Альтфатер окончил Морской кадетский корпус в 1902 году. Служил вахтенным начальником на броненосце «Император Александр II», на миноносцах «Выносливый», «Внимательный». В 1902 году зачислен в Квантунский флотский экипаж. С 1903 года служил вахтенным начальником и младшим штурманским офицером на крейсере «Аскольд», переданном в состав Первой Тихоокеанской эскадры и вскоре ушёл на крейсере в Порт-Артур.

Во время русско-японской войны принимал участие в обороне Порт-Артура. Во время войны Василий Альтфатер отличился при спасении экипажа эскадренного броненосца «Петропавловск» и в морском бою в Жёлтом море 28 июля 1904 года. После последнего боя с крейсером интернирован в Шанхае. После возвращения в Россию зачислен во 2-й флотский экипаж Балтийского флота. В 1906 году поступил в академию. В 1908 году окончил гидрографический отдел Николаевской Морской академии. Назначен штурманским офицером на канонерскую лодку «Бобр II». С 1909 по 1910 годы служил флагманским штурманом Штаба командующего 1-й Минной дивизией Балтийского моря, с 1910 года — флагманский штурманский офицер штаба командующего морскими силами Балтийского моря.

Василий Альтфатер умер в Москве 20 апреля 1919 года в результате сердечного приступа. Похоронен на Новодевичьем кладбище. Лев Троцкий отправил телеграмму с соболезнованиями. Памятник на могиле Василия Альтфатера был выполнен скульптором Сергеем Меркуровым за счёт военного ведомства. Имя «Альтфатер» носили две канонерские лодки РККФ в годы Гражданской войны, входившие в состав Доно-Азовской флотилии и Военного флота Астраханского края, а также эсминец Каспийской военной флотилии. Василий Альтфатер был женат на Александре Константиновне Дессино, дочери генерал-лейтенанта Константина Николаевича Дессино.