Владимир Петрович Агапеев родился в 1876 году. Он был православным и происходил из дворян Могилёвской губернии. Его отец, Петр Еремеевич Агапеев, был генералом от инфантерии в отставке. Владимир Петрович Агапеев окончил 1-й кадетский корпус в 1893 году и Николаевское кавалерийское училище в 1895 году, после чего был выпущен корнетом в лейб-гвардии Уланский Его Величества полк.

В 1901 году Владимир Петрович Агапеев окончил Николаевскую академию Генерального штаба по 1-му разряду. После окончания академии он занимал различные должности, включая старшего адъютанта штаба 4-й кавалерийской и Сводной кавалерийской дивизий. Владимир Петрович Агапеев участвовал в русско-японской войне и закончил ее начальником штаба 3-й Заамурской бригады. Затем он служил штаб-офицером для особых поручений при штабе 1-го кавалерийского и 14-го армейского корпусов.

В 1907 году Владимир Петрович Агапеев был назначен военным агентом в Сербии, а в 1909 году - военным агентом в Бельгии и Нидерландах. В 1914 году он был назначен начальником штаба 10-й кавалерийской дивизии, с которой вступил в Первую мировую войну. В 1915 году Владимир Петрович Агапеев был переведен на должность начальника штаба 2-й казачьей сводной дивизии, а затем назначен командиром 2-го лейб-гусарского Павлоградского полка.

После революции Владимир Петрович Агапеев присоединился к Белому движению и служил в Добровольческой армии. В 1919 году он был назначен начальником штаба 2-го армейского корпуса ВСЮР. В 1920 году он был уволен от должности и эмигрировал в Югославию. В эмиграции Владимир Петрович Агапеев служил в Топографическом военном институте и активно участвовал в работе Русского общевоинского союза.

В 1941 году Владимир Петрович Агапеев поступил рядовым в Русский охранный корпус, но в 1942 году переехал в Австрию. В 1946 году он служил представителем Красного креста в Германии. В 1948 году Владимир Петрович Агапеев переехал в Чили, а затем в Буэнос-Айрес. С 1950 года он служил начальником отдела Союза Российского зарубежного воинства в Аргентине. Владимир Петрович Агапеев скончался в 1956 году в Буэнос-Айресе. Он был женат и имел четверых детей.

Владимир Петрович Агапеев был награжден многочисленными орденами и наградами, включая Георгиевское оружие, орден Святой Анны 4-й степени, орден Святого Владимира 4-й степени с мечами и бантом, и польский Крест Храбрых. Он также был автором нескольких книг и статей, включая "Первый кадетский корпус" и "Убийство генерала Романовского".